Pakar: PCR Masih Bisa Deteksi Varian Omicron

Laporan Wartawan Tribunnews.com, Rina Ayu

TRIBUNNEWS.COM, JAKARTA - Varian baru Omicron memiliki sejumlah dampak dalam perkembangan Covid-19 global. Satu diantaranya adalah dampak pada alat deteksi Covid-19.

Meski demikian Guru Besar FKUI sekaligus pakar penyakit paru Prof Tjandra Yoga Aditama menyatakan, varian baru Omicron secara umum masih bisa terdeteksi dengan PCR.

"Dampak varian baru Omicron pada polymerase chain reaction atau PCR merupakan salah satu dari 6 kemungkinan dampak Omicron," ujar Prof Tjandra dalam keterangan tertulisnya, Kamis (2/12/2021).

Berdasarkan penelitian, ia mengatakan mutasi spike protein di posisi 69-70 pada Omicron menyebabkan terjadinya fenomena “S gene target failure (SGTF)” dimana gen S tidak akan terdeteksi dengan PCR lagi, hal ini disebut juga drop out gen S.

Baca juga: Kasus Covid-19 Varian Omicron Pertama di AS Terdeteksi di California

"Walau ada masalah di gen S tetapi untungnya masih ada gen-gen lain yang masih bisa dideteksi sehingga secara umum PCR masih dapat berfungsi," ungkapnya.

Mantan petinggi WHO Asia Tenggara ini mengungkapkan, tidak terdeteksinya gen S pada pemeriksaan PCR dapat dijadikan indikasi awal untuk kemungkinan yang diperiksa adalah varian Omicron.

Dan tentu perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS) guna memastikannya.

"Kalau kemampuan WGS terbatas maka ditemukannya SGTF dapat menjadi semacam bantuan untuk menyaring mana yang prioritas dilakukan WGS, selain kalau ada kasus berat, atau ada klaster, atau ada kasus yang tidak wajar perburukan klinik serta lainnya," jelas Prof Tjandra.

Baca juga: Varian Omicron Hantam Bursa AS, Pasar Tak Perlu Terlalu Panik

 
Lebih lanjut, jika disuatu daerah ditemukan peningkatan sampel laboratorium yang menunjukkan S gene target failures (SGTF) maka ini mungkin dapat menjadi suatu indikasi beredarnya varian Omicron.

Hal ini sebaiknya dijadikan perhatian penting juga bagi Indonesia dalam menganalisa hasil PCR yang setiap hari dilaporkan jumlah pemeriksaannya.

"Jangan hanya jumlah total saja tetapi apakah ada peningkatan SGTF atau tidak.
 Apalagi jumlah pemeriksaan whole genome sequencing kita memang masih perlu ditingkatkan," kata dia.

Dari data GISAID sampai 1 Desember 2021, Indonesia memasukkan 9.265 sekuens, sementara Singapura sudah memasukkan 10.151 sekuen, Afrika Selatan dengan penduduk tidak sampai 60 juta memasukkan 23.917 sekuen serta India bahkan sudah memasukkan 84.296 sekuen.

Sementara, Pada 1 Desember 2021 Arab Saudi, Amerika Serikat dan Korea Selatan telah melaporkan kasus varian Omicron mereka. Untuk Arab Saudi apakah akan berdampaknya pada izin masuk warga  untuk menjalankan ibadah Umroh, serta Korea Selatan menunjukkan varian ini terus merebak di Asia.